PRScs.zip
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大小:67.5KB
评分:
5.0
上传者:weixin_55102248
更新日期:2024-08-14

PRScs源代码详解以及代码步骤测试

资源文件列表(大概)

文件名
大小
PRScs/
-
PRScs/PRScs.ipynb
8.59KB
PRScs/PRScs_test.ipynb
4.01KB
PRScs/gigrnd.ipynb
14.16KB
PRScs/mcmc_gtb.ipynb
16.69KB
PRScs/mcmc_gtb_test.ipynb
17.93KB
PRScs/parse_genet.ipynb
12.77KB
PRScs/parse_genet_test.ipynb
32.8KB
PRScs/res/
-
PRScs/test_data/
-
PRScs/test_data/sumstats.txt
35.46KB
PRScs/test_data/sumstats_pval.txt
35.46KB
PRScs/test_data/sumstats_se.txt
35.46KB
PRScs/test_data/test.bim
27.18KB

资源内容介绍

PRScs 是一种用于计算多性状基因风险评分(Polygenic Risk Scores, PRS)的方法,特别适用于全基因组关联分析(GWAS)数据。PRScs 是 Polygenic Risk Score - Continuous Shrinkage 的缩写,它的主要特点是在计算 PRS 时引入了连续收缩(continuous shrinkage)模型,从而对多种基因变异进行联合分析。PRScs 的主要特点包括:1.贝叶斯模型: PRScs 基于贝叶斯框架,使用连续收缩先验(continuous shrinkage prior),能够动态地调整每个 SNP 的权重,从而优化 PRS 的计算。传统的 PRS 方法通常假设所有 SNP 贡献相同,而 PRScs 可以根据数据对 SNP 贡献进行加权。2. 利用外部信息: PRScs 允许使用外部信息(如 LD 参考面板)来提高 PRS 的预测能力。LD 参考面板可以是来自相同或不同人群的基因数据,这可以帮助更好地捕捉 SNP 之间的连锁不平衡(LD)结构。

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